海峡联合研究院成立于2015年6月18日，为福建农林大学直属二级科研机构，拥有基因组与生物技术研究中心、基础林学与蛋白质组学研究中心、园艺植物生物学及代谢组学研究中心、根系生物学研究中心、植物免疫研究中心五大创新平台，吸收了包括3位美国科学院院士、8位国家“千人计划”专家、5位教育部“长江学者”、1位“万人计划”领军人才和2位国家杰出青年基金项目获得者在内的各类高层次人才。

海峡联合研究院拥有完善的软硬件科研、教学平台，已成为境内外合作办学的试验基地、联合培养高层次人才的示范基地、海西科技创新和科研成果转化的先行基地，是培育科研创新人才的摇篮。

海峡联合研究院致力于培养出态度严谨科学、掌握核心领域技能的硕、博士研究生。各中心与加州大学洛杉矶分校、加州大学河滨分校、斯坦福大学、美国伊利诺伊大学香槟校区、弗吉尼亚大学、佛罗里达大学、德州农工大学等国际性知名学校合作，鼓励并资助研究院硕、博士生在毕业前后出国深造，旨在打造高层次复合型创新人才。