沙漠治理学院成立于2016年6月3日，其渊源可追溯至1960年在原内蒙古林学院成立的中国第一个沙漠治理专业和1983年成立的水土保持专业。学院现有教职员工64人，有专任教师53人；教授12人，副教授26人；教职工具有博士学位37人，硕士学位20人；博士研究生导师10人，硕士研究生导师25人。在校生1585人，其中，本科生1325人，硕士研究生232人，博士研究生28人。

学院下设沙漠治理与水土保持系、土地资源管理系、资源环境与城乡规划系3个教学机构，现有水土保持与荒漠化防治、土地资源管理、人文地理与城乡规划3个本科专业。其中，水土保持与荒漠化防治为自治区首批品牌专业，也是自治区重点建设专业。

水土保持与荒漠化防治、野生动植物保护与利用学科具有博士、硕士学位授权点，土地资源管理学科具有硕士学位授权点。水土保持与荒漠化防治学科是国家重点（培育）学科、国家林业与草原局重点学科、自治区重点学科。野生动植物保护与利用学科是自治区重点（培育）学科。学院设有博士后流动站。

学院建有内蒙古自治区风沙物理与防沙治沙工程重点实验室、内蒙古杭锦荒漠生态系统国家定位观测研究站、国家林业与草原局文冠果工程技术研究中心、荒漠生态系统保护与修复国家林业与草原局重点实验室。学院建有4个“内蒙古农业大学实践教学基地”。获批“水土保持与荒漠化防治”自治区教学团队，“防沙治沙”自治区科技创新团队。

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