通用航空系成立于2017年3月，是锡林郭勒职业学院结合全国及内蒙古地区产业结构调整升级的实际需要，根据用人单位需求，与北京中联通用航空有限公司合作建立的混合所有制二级系校，也是内蒙古地区首家通用航空系。

开设飞机机电设备维修、空中乘务、民航安全技术管理、无人机应用技术4个高职专业和航空服务、飞机设备维修2个中职专业，现有在校生389人。

建有无人机研发培训中心和锡林郭勒巴彦宝力格通用机场，作为通用航空系实训基地。毕业生现集中就业于国际航空公司、南方航空公司、东方航空公司、大兴机场、首都机场、呼和浩特白塔机场、锡林浩特机场等航空公司和企业。

通用航空产业是国家战略性新兴产业，国家和内蒙古自治区出台了若干政策推动通用航空产业发展，“十四五”期间，内蒙自治区开展通用航空短途运输网络和通用航空旅游示范工程，将建设通用航空机场108个，通用航空人才需求量急剧增加。

通用航空系始终以建立“内蒙古乃至全国一流的通用航空学府”为己任，培养紧缺型航空专业人才。实现航空基础教育和专业培养、执照培训一体化，为航空产业的发展奠定人才基础，立足锡林郭勒盟，面向内蒙古，服务全国，致力于为中国通用航空发展培养高素质技能人才。

通用航空系注重实践教学，加强实习基地建设，不断拓宽就业渠道，多年来与北京、上海、天津、山东、福州、呼和浩特和本地区20多家企事业单位建立了稳固的实习，就业合作关系，包括锡林浩特机场、呼和白塔机场、海拉尔机场、阿尔山机场、通辽机场、哈尔滨机场、广州白云机场、内蒙古机场集团、内蒙古自治区民航机场集团有限责任公司机务分公司、中国国际航空有限公司、东方航空公司、南方航空公司、内蒙古鑫宇空港服务有限公司、山东太古飞机工程有限公司、天津海特飞机工程有限公司、上海飞机制造有限公司、首都空港贵宾服务管理有限公司、福州长乐国际机场实业发展公司、元翔（福州）国际航空港有限公司等。