| 学院 | 层次 | 专业名称 | 办学点 |
| 农学与生物技术学院 | 本科 | 生物技术、农学、种子科学与工程、中草药栽培与鉴定、智慧农业 | 校本部 |
| 动物科学技术学院 | 本科 | 动物科学、蜂学、水产养殖学、草业科学 | 校本部 |
| 动物医学院 | 本科 | 动物医学（学制五年）、兽医公共卫生 | 校本部 |
| 植物保护学院 | 本科 | 植物保护、动植物检疫（植物检疫方向） | 校本部 |
| 园林园艺学院 | 本科 | 风景园林、园艺、设施农业科学与工程、园林、环境设计 | 校本部 |
| 资源与环境学院 | 本科 | 生态学、环境科学与工程、农业资源与环境、土地资源管理 | 校本部 |
| 食品科学技术学院 | 本科 | 食品质量与安全、食品营养与健康、食品科学与工程、葡萄与葡萄酒工程 | 校本部 |
| 烟草学院 | 本科 | 香料香精技术与工程、烟草 | 校本部 |
| 龙润普洱茶学院 | 本科 | 茶学（理工）、茶学（文史） | 校本部 |
| 水利学院 | 本科 | 水利水电工程、水利水电工程（卓越工程师班）、农业水利工程、水文与水资源工程、水土保持与荒漠化防治、土地整治工程、水务工程 | 校本部 |
| 机电工程学院 | 本科 | 农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、能源与动力工程、农业智能装备工程 | 校本部 |
| 理学院 | 本科 | 数学与应用数学、应用化学、化学生物学、电子信息工程、生物工程 | 校本部 |
| 大数据学院 | 本科 | 计算机科学与技术、数据科学与大数据技术、人工智能 | 校本部 |
| 建筑工程学院 | 本科 | 给排水科学与工程、工程造价、建筑学（学制五年）、土木工程、土木工程（卓越工程师班）、工程管理、建筑环境与能源应用工程、城乡规划 | 校本部 |
| 经济管理学院 | 本科 | 经济学、农林经济管理、电子商务、信息管理与信息系统、农村区域发展 | 校本部 |
| 人文社会科学学院 | 本科 | 社会工作、秘书学、旅游管理 | 校本部 |
| 外语学院 | 本科 | 英语、泰语、越南语、翻译 | 校本部 |
| 体育学院 | 本科 | 体育教育、社会体育指导与管理 | 校本部 |
| 国际学院 | 本科 | 汉语国际教育、土木工程（土木与环境工程方向-中外合作办学项目）、农林经济管理（中外合作办学项目）、风景园林(中外合作办学项目） | 校本部 |
| 热带作物学院 | 高职本科 | 电子商务、风景园林、林学、秘书学、农学、食品科学与工程 | 普洱校区（云南省普洱市思茅区思亭路3号和普洱市思茅区倚象镇帝泊洱大道） |
| 高职专科 | 大数据与会计（新西兰项目专科）计算机网络技术、酒店管理与数字化运营、森林生态旅游与康养、现代文秘 |
